Съгласно Закона за омбудсмана, общественият защитник се подпомага от администрация, назначена в съответствие с принципите на прозрачност, ефективност, плурализъм и недискриминация. Кабинетът на омбудсмана отговаря за цялостното планиране на програмата както на омбудсмана на Република България, така и на заместник-омбудсмана.
Правилникът за организацията и дейността на омбудсмана и неговата администрация предвижда, че администрацията на омбудсмана се управлява от главен секретар и е организирана в дирекции и/или отдели.
Съгласно разпределението на дейностите в подкрепа на работата на омбудсмана на Република България, администрацията е от два вида – обща и специализирана.
Специализираната администрация подпомага омбудсмана при изпълнението на неговите правомощия и компетенции и включва следните дирекции според тяхната специализация:
1. Дирекция „Приемна и деловодство“ води ежедневния диалог с гражданите; обработва недопустимите жалби; поддържа регистрите и отговаря за кореспонденцията.
2. Дирекция „Международни стандарти и нормативна уредба“ извършва сравнителни правни анализи на българското законодателство във връзка с международното право и законодателството на други държави; тълкува правната рамка; разглежда жалби, свързани с правата на гражданите и въпроси, свързани с работата на частните изпълнителни агенти; дава правни насоки по различни случаи (например за винетни стикери, арбитражни съдилища и др.); разглежда искания за изпращане на запитвания до Конституционния съд, Върховния касационен съд и Върховния административен съд.
3. Дирекция „Права на хората с увреждания и дискриминация“ се занимава с въпроси като правото на достъпна среда, социалните и трудовите права на хората с увреждания и всички въпроси, свързани с дискриминация на основана на пол, възраст, социален статус, етническа принадлежност, религия и др.
4. Дирекция „Права на детето“ следи за спазването на правата на детето, децата в риск, децата в конфликт със закона, най-добрия интерес на детете, детското участие и др. в съответствие с Конвенцията на ООН за правата на детето.
5. Дирекция „Социални права, образование, здравеопазване и околна среда“ се занимава с проблеми на гражданите, свързани с трудовия стаж и осигурителния стаж, пенсиите, проблеми с Националния осигурителен институт и Националната агенция по приходите, некоректни работодатели, всички въпроси, свързани с детски градини, предучилищни, начални, средни, гимназиални и висши учебни заведения, здравеопазване, злоупотреби в болници, Националната експертна лекарска комисия (НЕЛК), Териториалната експертна лекарска комисия (ТЕЛК), Фонда за лечение на деца, Фонда за репродуктивно здраве и др.
6. Дирекция "Право на собственост" разглежда въпроси, свързани с етажна собственост, права на достъп, земеделски земи, общинска и държавна собственост, работа с общини, областни управители, министерства, собственици на гори, собственици на земеделски земи, водни обекти, недвижими имоти, регулирани парцели и др., както и въпроси, свързани с околната среда, като градски паркове, замърсители на околната среда (напр. фабрики), пречиствателни станции за отпадъчни води и др.
7. Дирекция "Национален превантивен механизъм" е автономна и извършва мониторинг на всички места, където хората не са настанени по своя свободна воля (напр. затвори, психиатрични болници, места за задържане, центрове за бежанци), за да ги защити от изтезания и други форми на нечовешко или унизително отношение. Дирекцията извършва редовни инспекции, за да наблюдава условията в затворите, местата за задържане, центровете за бежанци и изготвя доклади. Експертите се занимават и с въпроси, свързани с полицейско насилие, нарушения на пътната полиция и решения на прокуратурата. Те разглеждат жалби, подадени от търсещи убежище и закрила, като се занимават и с експулсирането на мигранти след установяване на тяхната националност.
8. Дирекция „Права на потребители на административни и обществени услуги“ разглежда жалби срещу лица и институции, които предоставят публични услуги, като например дружества за отопление, дружествата за разпределение на електроенергия, Комитета за регулиране на водата и енергията, доставчиците на вода и канализация, доставчиците на телефонни и интернет услуги, банките, дружествата за събиране на дългове, както и други въпроси, свързани с местните данъци и такси. Тя следи за спазване на принципите на доброто управление от общините, общинските съвети, областните управители, държавните агенции и министерствата. Освен това се занимава с нарушения по програми и проекти на ЕС.
9. Дирекция „Одит на дейността по работа със сигнали и защита на сигнализиращите лица“ се занимава с изграждане на капацитет, както и с изготвяне на методология и правила за независим външен одит на дейността на Комисията за защита на личните данни (Централния орган за външно подаване на сигнали и защита на лицата в Република България). Прави проверки на място на работата на Външния канал за подаване на сигнали (КЗЛД), което включва оценка на: спазването на сроковете за обработка на сигналите, качеството на взаимодействие между КЗЛД и компетентни органи по ЗЗЛПСПОИН, съответствие на регистрите със закона и други аспекти от дейността на КЗЛД, позволяващи оценка на нейната ефективност по отношение на работата със сигнали.
Общата администрация подпомага упражняването на правомощията на омбудсмана на Република България като ръководител на институцията и осигурява работата на специализираната администрация. Тя извършва технически дейности и административни услуги и включва следните дирекции:
10. Дирекция „Финансово-счетоводни и стопански дейности“ се занимава с финансовото обезпечаване дейността на институцията: финансови прогнози, баланси, заплати. Тя редовно изготвя доклади за институции, които контролират бюджетните разходи, напр. Сметната палата. Служителите от обслужващия персонал също са част от тази дирекция.
11. Дирекция „Връзки с обществеността и протокол“ се занимава с организирането на събития на институцията на омбудсмана, като конференции, кръгли маси, публични дискусии и др. Тя поддържа връзки с медиите и отговаря за медийното популяризиране на работата на службата на омбудсмана. Освен това изготвя брошури, книги и други материали, популяризиращи работата на омбудсмана. Дирекцията се състои от директор и един главен експерт.
12. Дирекция „Контрол на жалби, международни дейности и проекти“ осъществява международните дейности на институцията и поддържа връзка с партньорски организации и институции за защита на правата на човека на регионално равнище (Европейския Съюз и Съвета на Европа) и международно равнище. Тя организира участието в съвместни форуми и отговаря за кандидатстването и изпълнението на проекти за изграждане на капацитет на служителите на администрацията на омбудсмана. Освен това тя следи и качеството на разглеждането на жалбите. Дирекцията се състои от директор и един главен експерт.